Primer to Analysis of Genomic Data Using R - Cover

Leseprobe

Primer to Analysis of Genomic Data Using R

eBook - Use R!

Gondro, Cedric

SPRINGER

Mathematik/Wahrscheinlichkeitstheorie, Stochastik, Mathematische Statistik

Erschienen am 18.05.2015, 1. Auflage 2015

74,95 €

(inkl. MwSt.)

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Bibliografische Daten

ISBN/EAN: 9783319144757

Sprache: Englisch

Umfang: 0 S., 7.66 MB

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Format: PDF
DRM: Digitales Wasserzeichen

Beschreibung

Through this book, researchers and students will learn to use R for analysis of large-scale genomic data and how to create routines to automate analytical steps. The philosophy behind the book is to start with real world raw datasets and perform all the analytical steps needed to reach final results. Though theory plays an important role, this is a practical book for graduate and undergraduate courses in bioinformatics and genomic analysis or for use in lab sessions. How to handle and manage high-throughput genomic data, create automated workflows and speed up analyses in R is also taught. A wide range of R packages useful for working with genomic data are illustrated with practical examples.

The key topics covered are association studies, genomic prediction, estimation of population genetic parameters and diversity, gene expression analysis, functional annotation of results using publically available databases and how to work efficiently in R with large genomic datasets. Important principles are demonstrated and illustrated through engaging examples which invite the reader to work with the provided datasets. Some methods that are discussed in this volume include: signatures of selection, population parameters (LD, FST, FIS, etc); use of a genomic relationship matrix for population diversity studies; use of SNP data for parentage testing; snpBLUP and gBLUP for genomic prediction. Step-by-step, all the R code required for a genome-wide association study is shown: starting from raw SNP data, how to build databases to handle and manage the data, quality control and filtering measures, association testing and evaluation of results, through to identification and functional annotation of candidate genes. Similarly, gene expression analyses are shown using microarray and RNAseq data.

At a time when genomic data is decidedly big, the skills from this book are critical. In recent years R has become the de facto< tool for analysis of gene expression data, in addition to its prominent role in analysis of genomic data. Benefits to using R include the integrated development environment for analysis, flexibility and control of the analytic workflow. Included topics are core components of advanced undergraduate and graduate classes in bioinformatics, genomics and statistical genetics. This book is also designed to be used by students in computer science and statistics who want to learn the practical aspects of genomic analysis without delving into algorithmic details. The datasets used throughout the book may be downloaded from the publishers website.

Autorenportrait

Cedric Gondro is Associate Professor of computational genetics at the University of New England. He has extensive experience in analysis of livestock projects using data from various genomic platforms. His main research interests are in the development of computational methods for optimization of biological problems; statistical and functional analysis methods for high throughput genomic data (expression arrays, SNP chips, sequence data); estimation of population genetic parameters using genome-wide data; and simulation of biological systems.

Inhalt

R basics.- Simple marker association tests.- Genome wide association studies.- Population and genetic architecture.- Gene expression analysis.- Databases and functional information.- Extending R.- Final comments.- Index.- References.

Informationen zu E-Books

„E-Book“ steht für digitales Buch. Um diese Art von Büchern lesen zu können wird entweder eine spezielle Software für Computer, Tablets und Smartphones oder ein E-Book Reader benötigt. Da viele verschiedene Formate (Dateien) für E-Books existieren, gilt es dabei, einiges zu beachten.

Von uns werden digitale Bücher in den folgenden Formaten ausgeliefert: EPUB und PDF, jeweils mit DRM (Digital Rights Management) oder ohne DRM. Bei den Formaten PDF und EPUB ohne DRM müssen Sie lediglich prüfen, ob Ihr E-Book Reader kompatibel ist. Wenn ein Format mit DRM genutzt wird, besteht zusätzlich die Notwendigkeit, dass Sie eine kostenlose Adobe-ID besitzen. Wenn Sie ein E-Book, das Adobe® Digital Editions benötigt herunterladen, erhalten Sie eine ACSM-Datei, die zu Digital Editions hinzugefügt und mit Ihrem Account verknüpft werden muss. Einige E-Book Reader (zum Beispiel PocketBook Touch) unterstützen auch das direkte Eingeben der Login-Daten des Adobe Accounts – somit können diese ACSM-Dateien direkt auf das betreffende Gerät kopiert werden.

Da E-Books nur für eine begrenzte Zeit – in der Regel 6 Monate – herunterladbar sind, sollten Sie stets eine Sicherheitskopie auf einem Dauerspeicher (Festplatte, USB-Stick oder CD) vorsehen. Auch ist die Menge der Downloads auf maximal 5 begrenzt.

WISSENSWERTES ZU E-BOOKS

E-Books sind elektronische Ausgaben von normalen (physischen) Büchern. Man kann sie auf speziellen Lesegeräten, Smartphones und Tablet-PCs, z.B. einem iPad oder auch auf ganz normalen PCs lesen.

Eine besondere Form der Lesegeräte sind E-Book Reader. Auf einem E-Book-Reader können Sie Ihre Lieblingsbücher stets parat haben. Anstatt herkömmlicher LCD-Displays wird eine sog. E-Ink-Technologie verwenden, wodurch eine bessere Lesbarkeit erreicht wird, fast wie bei einem auf Papier gedruckten Buch.

Dabei haben E-Books einige Vorteile gegenüber dem gedruckten Buch:

E-Books sind jederzeit und an jedem Ort verfügbar.
E-Books bieten interaktive Möglichkeiten und Funktionen, so kann z.B. die Schriftgröße nach Belieben verändert werden.
E-Books benötigen sie in der Regel nur wenig Speicherplatz auf Ihrem Gerät.

Sie können also komplette Bibliotheken auf Ihrem E-Book-Reader anlegen. Aus urheberrechtlichen Gründen ist aber z.B. das Ausdrucken von E-Books oder Teilen daraus nicht möglich.

E-Books müssen in einem bestimmten Format für die Nutzung auf den o.g. Geräten vorliegen. Gängige Formate sind EPUB oder PDF. Das EPUB-Format ist ein internationaler Standard speziell für E-Books, PDF-Formate werden auch für viele andere PC-Anwendungen genutzt.

Die E-Books werden vorwiegend über das Internet vertrieben. Um ein E-Book per Download zu beziehen, benötigen Sie eine Online-Verbindung. Einmal heruntergeladen, können E-Books jederzeit auch offline gelesen werden.

Häufig stellt sich die Frage, was kosten E-Books im Vergleich zu gedruckten Büchern? E-Books unterliegen genauso wie gedruckte Bücher der deutschen Buchpreisbindung. Das bedeutet, dass alle E-Books überall gleich viel kosten. Durchschnittlich sind E-Books ca. 20% günstiger als gedruckte Bücher.

HINWEISE FÜR DAS HERUNTERLADEN VON E-BOOKS

Welche Software wird benötigt, um E-Books herunterladen zu können?

Zum Download von E-Books wird die Software Adobe Digital Editions benötigt, die kostenlos heruntergeladen werden kann (http://www.adobe.com/de/products/digital-editions/download.html). Je nach E-Book Reader kann zusätzliche Software notwendig sein, Sie erfahren das aus der Anleitung Ihres Readers.

Was ist eine Adobe-ID?

Für die Installation von Adobe Digital Editions wird eine Adobe-ID benötigt, um ein Benutzerkonto beim Softwarehersteller Adobe zu erhalten. Die Adobe-ID ist kostenlos und in wenigen Minuten erstellt. Durch diese ID ist es möglich, Sicherungskopien zu erstellen oder E-Books auf Ihren E-Book-Reader bzw. andere Geräte zu kopieren. Außerdem werden Sie beim Kauf eines DRM-geschützten E-Books (s.u.) immer wieder zu einer Autorisierung aufgefordert. Ohne eine persönliche Adobe-ID werden digitale Inhalte dem Gerät und nicht Ihrem persönlichen Konto zugeordnet. Geräte können auch nachträglich mit einer Adobe-ID autorisiert werden, dies funktioniert innerhalb von Adobe Digital Editions unter dem Menüpunkt „Computer autorisieren“. Generell gilt es zu beachten, separate Computer stets mit derselben ID zu aktivieren, da Sie ansonsten über verschiedene Konten verfügen, die nachträglich nicht mehr zusammengeführt werden können.

Können E-Books auch mit dem Adobe Reader oder Adobe Acrobat gelesen werden?

Rein PDF-formatierte E-Books können auch ohne Adobe Digital Editions (s.o.) gelesen werden, sofern diese nicht DRM-geschützt sind (s.u.). Zum Öffnen von E-Books im EPUB-Format wird diese Software benötigt.

Was bedeutet DRM?

Die DRM-Technologie („Digital Rights Management“) gibt Verlagen die Möglichkeit, urheberrechtliche Inhalte zu schützen bzw. Rechte für diese Inhalte zu vergeben. Je nach Vorgabe des Verlages dürfen DRM-geschützte E-Books auf einer bestimmten Anzahl von Geräten aktiviert werden. Private Sicherheitskopien dürfen erstellt, EPUB-Formate aber in der Regel nicht ausgedruckt werden. PDF-Formate können davon abweichende Vorschriften beinhalten.

Mit welchen Betriebssystemen können E-Books heruntergeladen werden?

Adobe Digital Editions (als Voraussetzung um komfortabel alle Formate von E-Books lesen zu können) ist mit den folgenden Betriebssystemen kompatibel:

Windows® ab XP SP3
Mac OS X 10.6+

Welche Systemanforderungen müssen Computer erfüllen?

Dies kann je nach E-Reader variieren. Bitte prüfen Sie vor dem Kauf, ob Ihr Computer mit dem von Ihnen ausgewählten E-Reader kompatibel ist.

Können E-Books auf andere Computer kopiert bzw. weitergegeben werden?

E-Books, die aufgrund von DRM (s.o.) gegen illegale Vervielfältigung geschützt sind, können nicht weitergegeben werden. Allerdings können mithilfe der Software Adobe Digital Editions und Ihrer persönlichen Adobe-ID E-Books auf bis zu sechs PCs oder anderer Geräte aktiviert werden. Dazu genügt eine kurze Anmeldung.